こちらのページで、iPhoneの各アプリのキャッシュを掃除してくれるツールが紹介されていました。
iPhone・iPadの容量不足に!空き容量を大幅に増やすソフト「PhoneClean」 | フリーソフト,Windows PC活用情報局
早速試してみたのですが、なんと1.3GBも空き領域が増えました。キャッシュの容量が最も多かったものは壁紙アプリの10000+ Wallpapers HD。壁紙を選んで表示させただけのものが、全部キャッシュとして残っていたのでしょうか。このツールを実行しても、キャッシュのみが消えて保存してあるデータはすべて残っているため、各アプリの使用上の問題はありませんでした。
メンテナンスとして、このPhoneCleanと、入力のもたつきがなくなる変換学習のリセット(設定→一般→リセット→キーボードの変換学習をリセット)、そしてバックアップは、定期的に行なっておくといいかもしれませんね。